Hasto juga ditetapkan sebagai tersangka kasus dugaan perintangan penyidikan. Dia diduga dengan sengaja mencegah, merintangi dan menggagalkan secara langsung dan tidak langsung proses penyidikan. Di antaranya, yakni menyuruh Harun Masiku pada 2020 untuk menenggelamkan ponselnya ketika adanya operasi tangkap tangan (OTT).
“Bahwa pada 8 Januari 2020 pada saat proses tangkap tangan oleh KPK, Saudara HK memerintahkan salah satu pegawainya di Jalan Sutan Syahrir untuk menelpon kepada HM dan memerintahkan supaya merendam Hape ke dalam air dan melarikan diri,” papar Setyo.
Kasus tersebut sudah mulai diusut KPK sejak 2020. Pada saat itu, lembaga antirasuah menetapkan empat orang tersangka yaitu anggota KPU Wahyu Setiawan, anggota Bawaslu Agustina Tio Fridelina, Saeful Bahri dan Harun Masiku. Hanya Harun yang sampai saat ini belum dibawa ke proses hukum.